医療法人は設立する際にまず、都道府県に医療法人設立認可申請を行います。

医師が診療所を開設する場合は保健所への開設届を提出することで開設となりますが、医療法人の場合はその前に診療所開設許可申請が必要になります。

医療法人は、毎年決算届（東京都では事業報告書と呼んでいます）、二年毎に役員変更届を提出する義務があります。

登記の変更をしたら登記届も提出します。

また、定款を変更するときは定款変更認可申請を行います。

分院を開設する際、診療所を廃止する際は定款変更認可申請を行います。また診療所の開設許可申請、開設届、廃止届も必要になります。